分子筛（凝胶过滤层析）蛋白纯化系统的优缺点
分子筛定义：
 
分子筛层析，又称为凝胶过滤层析或体积排阻层析。分子筛层析是利用有一定孔径范围的多孔凝胶作为固定相，对混合物中各组分按分子大小进行分离的层析技术。具有分子筛作用的物质很多，如浮石、琼脂、琼脂糖、、聚丙烯酰胺、葡聚糖凝胶等。
 
避开原因一：工艺放大困难
分子筛层析无法遵循线性放大原则，即使遵循柱床高度不变的原则，工艺流速如何进行调整，也是需要面临的问题。为保证良好的分离效果，分子筛层析需要求相对较高的装填高度，然而装填高度偏高，反压也势必会偏高。由于层析填料的耐压有限，在保证不超压的前提下，工艺流速会明显受限，这会使得整个纯化过程时间漫长。
 
避开原因二：层析柱装填困难
在进行层析柱装填时，匀浆液浓度需要在一定的范围内（50%-70%），方可保证沉降均匀、柱效良好，这对层析柱的规格选型有着特殊要求。高度100 cm的层析柱，在匀浆浓度50%-70%时，假设压缩系数为1.15，则实际使用高度为43.5-60.9 cm，这往往无法达到某些使用者的要求。若选配装柱器，并考虑柱头所占空间，这要求实验空间需高度充足。若考虑将2根层析柱串联使用，则要求2根层析柱的柱效相当，才可保证分离效果良好，这对装填技术也有着较高要求。
 
避开原因三：测定柱效困难
常规柱效测定方法，要求平衡1.5-2 CV，进样后，洗脱至出峰（参考值：2 CV），流速30 cm/h。若假设装填高度为60 cm，平衡、洗脱体积总计3.5 CV，经计算，测定一次柱效，需耗时7小时。可以想象，当发现柱效不理想，需要重新装填并测定柱效时，过程是很繁琐、耗时的。
 
避开原因四：维护保养操作困难
当层析柱使用完毕，用20%乙醇保存时，同样也很耗时。而且当再次使用时，用水将20%乙醇置换走，一般需要3 CV以上，而且由于该过程反压较大，通常还需要降低流速进行。

总之，采用分子筛层析，各个环节都很繁琐、耗时，因此，在进行层析工艺设计时，要尽量避开分子筛层析。